Những khó khăn bỡ ngỡ của thời gian đầu đã vượt qua, đây là giai đoạn củng cố và định hướng phát triển trong những năm tiếp theo. Để phù hợp với quy mô của định hướng phát triển, năm 2006 vốn điều lệ của công ty từ 10 tỷ đồng tăng lên 45 tỷ đồng. Thuận lợi lớn nhất trong giai đoạn này là sản phẩm thuốc lá của Khatoco đã khẳng định ở thị trường Miền Trung và Tây nguyên, đặc biệt là nhãn thuốc White horse, Seabird, War Horse, Prince … tạo đà tăng trưởng cao cho các tỉnh từ Thanh Hoá trở vào. Tuy nhiên thị trường Miền Bắc còn bỏ ngỏ, thị trường Miền nam đang có chiều hướng giảm dần thị phần nhãn thuốc Nha Trang du lịch. Ngành dệt may mặc dù đã mở rộng hệ thống đại lý bán hàng trên toàn quốc, tuy nhiên khó khăn lớn nhất vẫn thuộc về khâu sản xuất, đó là kiểu dáng mẫu mã đơn điệu và không phong phú, chất lượng vải tốt nhưng ít chủng loại, màu sắc dễ phai và không ổn định. Bên cạnh đó do chính sách khuyến mãi thuốc lá bằng vải, áo sơ mi những năm trước đã vô tình làm giảm uy tín sản phẩm cũng như rối loạn giá cả trên thị trường làm giảm sức cạnh tranh. Nguồn nhân lực từ những năm đầu chỉ có 108 người đến năm 2005 đã lên tới 333 người là điều thuận lợi, tuy nhiên đa số nhân lực chưa được đào tạo, khâu tuyển chọn đầu vào chưa chặt chẽ nên chất lượng nguồn nhân lực còn nhiều khó khăn .

Bước vào năm 2005, công ty đã tập trung củng cố lại thị trường thuốc lá và dệt may. Theo đó ngành thuốc lá đã sắp xếp lại hệ thống đại lý trên toàn quốc, thu hẹp những thị trường không có khả năng phát triển để tập trung cho những thị trường có tiềm năng. Mạnh dạn dừng sản xuất những nhãn thuốc sau nhiều năm không tăng trưởng do không phù hợp thị trường hoặc nhãn thuốc không có hiệu quả để tập trung cho những nhãn thuốc đã khẳng định thị trường. Vì vậy số nhãn thuốc của giai đoạn 2002 – 2004 là 32 nhãn thì trong giai đoạn 2005 – 2008 chỉ còn 17 nhãn nhưng sản lượng vẫn tăng. Nếu như sản lượng tiêu thụ bình quân năm trong giai đoạn 2002 – 2004 là 481 triệu gói/năm thì trong giai đoạn 2005 – 2008 tiêu thụ bình quân 617 triệu gói năm, tăng 1,28 lần. Về ngành dệt may đã chấm dứt khuyến mãi vải và áo sơ mi qua thuốc lá, xử lý hạ giá hàng tồn kho và thay đổi thương hiệu sản phẩm áo sơ mi là sản phẩm chủ lực, xây dựng lại hệ thống đại lý bán hàng thay cho điểm mở tràn lan trong giai đoạn đầu, thay đổi chính sách bán hàng dệt may và vải.